不同于工程审计对工程项目的全过程监督，工程造价结算审计是在工程竣工验收阶段的一种事后审计。
一般来说，审计报告是一种不具有强制执行力的行政建议，无对外法律效力。
首先，审计机关出具审计报告的行为不是行政法律行为。行政机关的行为是否属于行政法律行为，要看其是否具备主体资格和法定权限，以及是否对行政相对人的权利义务产生直接法律影响。审计机关作为国家行政机关，依职权出具的审计报告是对工程竣工结算的财政收支、财务收支行为的审计评价，并不直接影响行政相对人的权利义务。
其次，审计机关只审计建设单位，并不审计承包单位，审计结果的效力仅作用于建设单位。审计法规定审计机关“有权就审计事项的有关问题向有关单位和个人进行调查，并取得有关证明材料”。承包单位作为相关方只有向审计机关提供审计相关资料和配合审计机关工作的义务。
审计机关根据审计情况可以对建设单位作出审计报告、审计意见、审计决定，这三者的法律效果不同。
审计意见是审计报告的核心内容，是对具体审计目标的适当、充分的审计证据所发表的评价意见;审计决定是具有对外法律效力和强制性的法律文书;审计报告是审计机关作出审计决定的依据，是一种行政评价，可以作为合同结算的参考依据，但并无强制性。
如果把工程造价结算的国家审计报告作为建设工程施工合同双方当事人之间结算的当然依据，将不利于当事人的意思自治。首先，应当区分“工程造价应经国家审计”与“以国家审计报告作为工程结算的依据”。如果合同当事人未事先在合同中约定工程造价以国家审计报告为准，即使经过审计，仍不能推定以审计报告结果为结算的当然依据。其次，审计机关与建设单位之间是行政法律关系。建设工程施工合同是建设单位与承包单位双方在平等、自愿的原则下实施的民事法律行为，属于民事法律关系，二者法律性质不同。
虽然审计的目的在于保护公共资金的合法合规使用，但是审计机关不国家审计是合同当事人，审计报告不能过分干预当事人之间的合同履行，不得干预市场的自由交易，否则合同将失去公平性。但如果只关注合同自由及意思自治，国家审计的监督功能就无法得到实现，对公共资金和利益的保护措施将流于形式。